而水路就是举世闻名的郑和下西洋一事了。郑和下西洋固然一方面是为了宣扬国威，但是可能也带有探寻建文帝的意图，因为当时也有传言说建文帝一路出逃，后来觉得在朱棣统治下的大明朝实在是无处可逃，于是就泛海出国，乃至于有传说建文帝在海外招揽旧臣，积极培植势力，只等时机一到就要反攻回国，种种传说让朱棣感到不能放松警惕。
而另一方面郑和下西洋的人员配置也透露出寻访建文帝的蛛丝马迹，郑和下西洋的船队里面带有锦衣卫，这就有意思了。要知道，锦衣卫的职能通常有两个，即“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，而他们跟着郑和下西洋所要履行的职能绝对不是护卫皇帝，那就只剩下“巡查缉捕”了，当然锦衣卫有时候也负责刺探敌情、策反军将，但是当时朱棣并不想发动对海外征伐，那些小国又远又小，不值得朱棣下手，所以这个职能也就作罢了。如果他们跟着郑和下西洋是为了“巡查缉捕”的，那他们巡查缉捕的对象是谁呢？郑和吗？肯定不是，朱棣对于郑和是十分信任的，不然也不会把这么重要的任务交给他。或者是因为朱棣担心郑和的安全，所以派锦衣卫协同来保护郑和，但是郑和每次出航都会有上万的士兵跟随，如果在这种情况下还不放心郑和的安全的话，那么干脆一开始就别让郑和出航了，老老实实在皇宫里服侍朱棣岂不更安全。